肠道菌群与宿主的免疫系统之间存在着复杂的互动关系，这种互动既直接影响肠道的健康状态，也间接通过各种代谢产物调节全身的免疫反应。肠道菌群的失衡被认为是多种疾病发生的潜在原因，尤其是那些与免疫系统失调相关的疾病。
在哺乳动物的消化道中，居住着庞大的微生物群体，这些微生物对宿主的健康有着举足轻重的影响。近十年来，随着基因测序技术和高通量分析手段的进步，科学家们得以深入探究这些微生物群落的身份和功能。
微生物群并不是被动存在的，它们积极参与宿主的生长发育和体内平衡的维持。通过与肠道黏膜的直接接触，微生物群影响肠道屏障功能和炎症反应。同时，通过产生如短链脂肪酸等代谢产物，微生物群与宿主的黏膜免疫系统进行着微妙的交流。
这些微生物的组成并非固定不变，而是随着个体的生活环境、年龄增长以及饮食习惯等因素的变化而动态调整。
肠道免疫系统
肠道表面被黏膜组织覆盖，主要通过黏膜免疫系统发挥免疫功能。粘膜免疫系统是机体整个免疫网络的重要组成部分，又是具有独特结构和功能的独立免疫体系，它在抵抗感染方面起着极其重要的作用，粘膜表面与外界抗原（比如食物、共生菌、有害病原体等）直接接触，是机体抵抗感染的第一道防线。
大量实验证明，通过粘膜免疫后，粘膜局部的抗体比血清抗体出现的早、效价高且维持时间长。粘膜免疫系统构成了机体的第一道防线，它可以将外来病原微生物或其他外来抗原在侵入机体组织之前被消灭，不至于对机体组织造成损伤。
肠道菌群与免疫系统
人体的肠道菌群具有种类繁多，功能复杂的特点，而免疫系统是身体抵抗外来病毒的第一道，也是至关重要的防线。科学家很早就论证肠道菌群的平衡与否将会影响到免疫系统功能的发挥。
而最近研究表明，二者的影响是相互的，免疫系统对肠道菌群的影响逐渐被揭开。
肠道掌管着人体的70%以上的免疫功能，成为保护人体健康的天然屏障。肠道是人体最大的免疫器官，同时还是人体最大的排毒器官。
你可以想象肠粘膜展开来的面积竟然远远大于人体体表皮肤的面积吗？但也是因为面积大这个原因，它接触了最多的外来细胞，所以淋巴组织最为发达，肠粘膜大约集结了人体约60%~70%的免疫细胞，前仆后继的不断对抗着我们身体内的细菌病毒。因此可以说人体70%的免疫力由肠道菌群决定，所以自身免疫系统疾病就是源于肠道。
肠道内聚集着大量的肠道菌群，与肠壁内存在的为数众多、功能强大的免疫细胞，两者以肠粘膜为界，相互作用，相互制约，处于动态平衡。肠道菌群在促进免疫系统发育，维持正常免疫功能，协同拮抗病原菌入侵方面，发挥着重要作用。
治疗策略
肠道菌群与免疫相关疾病之间存在着密切又复杂的联系。肠道菌群失调在免疫相关疾病的发生发展起着重要作用。因此，调节菌群失调在这类疾病的治疗中至关重要。近年来，随着对肠道菌群的研究不断深入，菌群调节手段也不断涌现。
1、肠道菌群移植（FMT）：FMT是将预先筛选和处理的健康供体的肠道菌群转移到患者肠道的治疗方法，其目的是恢复正常的肠道菌群功能。
FMT最初用于艰难梭状芽孢杆菌感染（CDI）的治疗，近年来逐渐应用于其他与菌群改变相关疾病的治疗，特别是免疫相关疾病等。需要指出的是，与CDI相比，FMT对免疫相关疾病的作用机制尚未完全清楚，这使得目前预测FMT结果和相关风险较为困难。
2、益生菌、益生元和后生元：在临床实践中，最常用的益生菌有乳酸菌、双歧杆菌属、链球菌以及酵母菌等。迄今为止，已有许多证据证明了益生菌在免疫相关疾病中的疗效；除了益生菌外，益生元也可以用来调节肠道菌群。
3、饮食：饮食在调节肠道菌群以及治疗疾病方面扮演着核心角色。快速改变饮食习惯可以在短时间内显著影响肠道微生物群及其相关的生理功能。
例如，增加纤维摄入量与促进短链脂肪酸产生菌的增长相关；增加膳食脂肪则会明显改变微生物群落结构；而膳食蛋白质的摄入也能调节微生物的组成及其代谢产物的生成。
因此，深入了解饮食、菌群以及它们相互作用在疾病发展中的作用，对于临床医生来说至关重要，这可以帮助他们更有效地指导患者的饮食选择，为各种疾病的精确营养治疗提供科学依据。
